Лечението на периодонтит е сложна манипулация, която често се налага да бъде извършена по спешност, заради силата е характера на болката. Изхода от лечението зависи от много фактори – идивидулната анатомия на кореновите канали, защитните сили на организма, вида на периодонтита – остър, хроничен или екзацербирал и др.

Лечението на периодонтит може да бъде разделено в две основни групи – хирургично и терапевтично. Хирургичното лечение представлява премахване на болния зъб – екстракция или премахване на част от зъба, заедно с променените от периодонтитното възпаление тъкани. Най-често използваните хирургични методи на лечение, съхраняващи зъба са хемисекцията и апикалната остеотомия.

На пръв поглед терапевтичното лечение на периодонтит прилича на това при пулпит – прави се механична обработка на кореновите канали, медикаментозна и след това се запълват с различни видове каналопълнежни. За разлика от пулпита обаче тук има инфекция, която е излезнала извън каналите на зъба и трябва да бъде повлияна. Често се наблюдава и гнойна ексудация, която води до забавяне във времето на лечението, понякога се налагат няколко междинни посещения преди дифинитивното запълване на кореновите канали.

Съвременните методи на лечение на периодонтите, както и комбинацията между хирургични и терапевтични методи на лечение води до все по-голям процент на успешно излекувани „периодонтитни“ зъби.